对中药材真、伪、优、劣的传统鉴别方法在同仁堂已经传承了300余年。今天，虽然北京同仁堂有了高科技的质检设备，但是中医药技师们至今仍保留着传统的眼看、手摸、鼻闻、口尝的中药材鉴别方法。经传统方法鉴别合格之后，再按照药典的标准采用现代方法进行检验，实现了药材检验双把关。北京同仁堂的生产管理，严格按照药品生产质量管理规范标准执行。北京同仁堂成药所用药材质量标准，从产地、加工、商业等级、栽培等都给予了明确规定，所有原料都按照上等、纯洁、地道的标准入药。

目前，北京同仁堂研究院依托国家中医药管理局中医药标准化建设研究项目，利用现代化分析技术顺利完成了安宫牛黄丸标准化建设研究，成功建立了客观、准确的质量内控标准。该项研究采用中药特征图谱整体质量分析方法，实现了对中成药制剂中天然麝香、天然牛黄、黄丝郁金、栀子、味连等药物的优质特色质量的同步控制，为建立符合国际标准且拥有中药自身特色的质量标准评价体系奠定了坚实基础。